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SANTÉ > MÉDECINE > DE L’INTÉRÊT DES TESTS GÉNOMIQUES

mars 18, 2024
erickleinfr

Pour la pratique d’une médecine préventive individualisée.

Il y a déjà huit ans, en octobre 2014, il m’a semblé logique de me pencher sur les tests génomiques qui commençaient à être disponibles auprès de certains laboratoires génétiques. En effet, toute démarche de médecine préventive se doit d’être individualisée car c’est l’essence même de cette approche qui privilégie la recherche des facteurs de risque pour éviter la maladie et conserver la santé.

La base de toute demande passe par la réalisation d’un dossier médical classique (anamnèse familiale et personnelle fouillée, symptômes, signes cliniques, questionnaire alimentaire…) constituant le prélude au lancement d’une batterie de tests biologiques, à savoir une démarche parfaitement conventionnelle, sauf que les tests demandés vont plus loin, notamment dans l’évaluation des nutriments, mais aussi dans celle des marqueurs d’inflammation, d’oxydation et de glycation – les trois piliers à la base des maladies chroniques et dégénératives, ou encore “maladies de société“.

Généralement parlant, ces tests biologiques peuvent être modifiés – et dès lors améliorés par l’action médicale – via des changements de comportement, que ce soit le style de vie ou l’alimentation, ou via les traitements, en particulier la prescription de compléments alimentaires qui fait aussi partie de cet algorithme. Les génotypes identifiés par ces tests génomiques s’avèrent eux, en revanche, immuables… ce qui permet de considérer le modeste investissement destiné à identifier un génotype spécifique (car je n’aime pas les panels sous-tendus par une démarche commerciale) comme définitif, le test ne devant pas être répété. Le médecin pratiquant cette action préventive (que je nomme personnellement Médecine Fonctionnelle, un clin d’œil au qualificatif “fonctionnels” attribué aux patients dont les plaintes ne correspondent pas à un diagnostic précis et donc à la prescription d’un médicament bien déterminé) va tout faire pour corriger et optimiser le bilan biologique, l’essence même de sa démarche thérapeutique. Il ne pourra toutefois jamais modifier le(s) génotype(s) : il s’agira de s’y adapter !

La génomique change le paradigme

Nous introduisons ainsi un nouveau paradigme qui révolutionne la médecine à visée préventive. Le moment est venu d’expliquer la différence fondamentale entre test génétique et test génomique. L’analyse génomique est déjà utilisée en oncologie conventionnelle pour identifier le meilleur traitement de certains cancers du sein. Pour faire court, la démarche génétique vise à identifier une maladie génétique et correspond à notre compréhension habituelle de cette problématique. Mais le test génomique ne va pas identifier une pathologie, il va plutôt révéler un réglage qui n’est pas pathologique per se, même si certains rares génotypes augmentent les risques d’une maladie future, comme c’est le cas pour l’apoE qui influence la probabilité de souffrir de neurodégénérescence ou d’atteintes cardiovasculaires. Mais, même dans ce cas rare, il reste possible d’agir sur le phénotype de manière spectaculaire via des changements des habitudes alimentaires, de l’hygiène de vie et des traitements donnés au sujet…

En génomique, il s’agit d’identifier un “réglage” (en anglais, j’utilise le terme de ‘setting‘) qu’il nous est impossible d’altérer et qui change la donne, tant pour les conseils alimentaires que pour les traitements, selon les cas bien entendu. Je dois vous dire qu’après une mise en route un peu hésitante il y a huit ans, je peux affirmer aujourd’hui que ces données nouvelles ont considérablement influé sur mes programmes “fonctionnels”, à un point tel que je ne peux plus imaginer de ne pas en faire bénéficier mes patients : la génomique a changé le paradigme !

Au mois d’août dernier, je suis tombé en scrutant PubMed sur un article fascinant qui m’a initié à la paléogénomique, soit l’application de tests génomiques à des ADN récupérés sur des fossiles bien conservés, en particulier concernant le genre Homo, mais pas seulement H. sapiens mais les espèces humaines récemment éteintes et ayant coexisté avec la nôtre, à savoir Homo neanderthalensis et Homo denisovensis dont une partie du génome a été intégré au nôtre suite aux unions fertiles entre des individus appartenant à ces espèces qui ont cohabité. Il s’agit en soi d’une fantastique révélation, surtout en ces temps de xénophobie : ces différentes espèces humaines présentaient des phénotypes très différents…

Trois génotypes intéressants

Le Prix Nobel de Médecine 2022 a été décerné au Suédois Svante Pääbo pour le séquençage du génome de l’homme de Néandertal. C’est encore lui qui avait séquencé l’ADN obtenu à partir d’une phalange d’enfant trouvée en 2008 dans la grotte de Denisova, dans l’Altaï en Sibérie : bingo, une nouvelle espèce était née grâce au savoir-faire du généticien de l’Institut Max-Planck à Leipzig, la toute
première fois pour un généticien au lieu d’un paléontologue ! Bref, toutes ces nouvelles données d’origine archéologique ont créé la “Paléogénomique”.

Mon intérêt très vif pour ces recherches se situe au niveau de trois génotypes influencés par l’évolution des dernières dizaines de milliers d’années : apoE tout d’abord exclusivement ‘E4’ mais apparition du ‘E3’ il y a 130 000 ans puis du ‘E2’ il y a 80 000 ans (forte augmentation des besoins en graisses) ; LCT traduisant une intolérance primaire au lactose jusqu’à l’avènement de la domestication au cours du néolithique et l’introduction subséquente des laits animaux qui change progressivement la donne ; DIO2 initialement ‘AA’ (alanine en position 92 sur la chaîne protidique) chez tous nos ancêtres, y compris les néandertaliens et les dénisoviens, avec conversion laborieuse des prohormones thyroïdiennes T4 (Lthyroxine) en hormones actives T3 (thyronine) jusqu’à l’arrivée des glucides en abondance favorisant l’émergence des génotypes ‘TA’ & ‘TT’ où la thréonine remplace l’alanine ancestrale, avec meilleure capacité de conversion T4 en T3.

La mise en perspective de toutes ces données nous éclaire grandement sur les conseils à donner aux patients : a) éviter les graisses saturées et le cholestérol chez les apoE ‘E4‘ ; b) limiter les féculents chez les apoE ‘E2’ ; c) bannir le lactose chez les intolérants primaires d’origine génétique – attention aux faux positifs lors des tests d’haleine où on identifie des intolérances secondaires et passagères dues à une souffrance de la muqueuse du grêle, car on ne doit pas boire de lait après un épisode de diarrhée ; apprécier la capacité de conversion de T4 en T3.

Il se fait que cette dernière pose des problèmes aux patients souvent confrontés à des protocoles rigides de traitement hormonal thyroïdien. L’immense majorité des prescriptions se borne à de la L-thyroxine (T4), alors que plusieurs études ont montré que l’addition de T3 aide certains patients. On note par ailleurs que les médecins “anti-âge” ne jurent que par la combinaison fixe T4 + T3, d’office et d’emblée pour tous ! On peut faire la part des choses grâce au génotype DIO2 intégré dans un algorithme individualisé qui peut changer la vie de ces patients.

En conclusion, la génomique et son éclairage ancestral sont loin d’être inutiles …

(texte extrait avec l’accord de l’auteur de la revue “Le journal du médecin” du 12 janvier 2023)

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Publication : Éric Klein

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